Από διάφορα αρχαιολογικά αντικείμενα που έχουν βρεθεί ύστερα από ανασκαφές το χωριό φαίνεται να κατοικείται από τα χρόνια της Γεωμετρικής περιόδου, (3ος – 4ος αι. π.Χ.). Η σημερινή μορφή του χωριού ξεκινά από την ανοικοδόμηση που έγινε το 1400 από ένα πριγκιπόπουλο ερχόμενο από την Κωνσταντινούπολη με το επίθετο Γαβαλάς, από το οποίο και το χωριό ονομάστηκε Γαβαλομούρι.
Παρόλο που αναφέρεται για πρώτη φορά στην απογραφή του Barozzi το 1577, του Καστροφύλακα το 1583 και του Basilicata το 1630, ίσως το συνθετικό του ονόματος οδηγεί στην βυζαντινή εποχή και να συνδέεται με την οικογένεια των Γαβαλάδων που προέρχονται από τα 12 Αρχοντόπουλα και ίσως παραπέμπει στον 12ο – 13ο αιώνα.
Το πιο σημαντικό πράγμα με το οποίο ετίμησε ο πρίγκιπας το χωριό ήταν ο πολιούχος και ο προστάτης της ενορίας, ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος. Ο σημερινός ναός του χωριού είναι ο τρίτος κατά σειρά που έχει χτιστεί πάνω στα θεμέλια των προηγούμενων οι οποίοι καταστράφηκαν κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Οι εργασίες ανοικοδόμισης του Ναού ξεκινούν περί τα τέλη του 1898 και τελειώνουν το 1913 οπότε και εγκαινιάζεται από τον επίσκοπο Κισάμου και Σελίνου Άνθιμο Λελεδάκη. Όλο το διάστημα των εργασιών οι χωριανοί έχοντας μεγάλη αγάπη και περισσή ευλάβεια προς τον προστάτη τους Άγιο, προσφέρουν προσωπική εργασία και βρίσκουν τους καλύτερους μάστορες της εποχής εκείνης για να χτίσουν το ναό διακοσμώντας τα παράθυρα και τις πόρτες του με πελεκητές καντονάδες. Εκείνο όμως που προκαλεί τον θαυμασμό όσων επισκέπτονται τον ναό είναι το επιβλητικό και πανήψυλο [περίπου 35 μ.] κωδωνοστάσιο, που είναι κατασκευασμένο μόνο από πελεκητή καντονάδα. Ο Ναός είναι ρυθμού βασιλικού και έχει περίπου 25 μέτρα ύψος. Έχει τρεις εισόδους, την κεντρική, μία βόρεια και μία νότια, προς μεγαλύτερη εξυπηρέτηση των πιστών. Ο κυρίως ναός χωρίζεται από το ιερό βήμα με ξυλόγλυπτο υψηλό τέμπλο σε ρυθμό μπαρόκ που φτάνει τα 20 μέτρα και είναι έργο του Ιωάννου Κουφάκη περί το έτος 1916. Το τέμπλο κοσμείται από αξιόλογες εικόνες με σπανιότατες παραστάσεις και είναι αγιογραφημένες από τους Αγιορείτες πατέρες Κοσμά και Δαμιανό και από τον αγιογράφο Παπαδάκη Ιωάννη. Το εσωτερικό του Ενοριακού Κέντρου της Ενορίας Το εσωτερικό του Ενοριακού Κέντρου της Ενορίας Πλησίον του ναού υπάρχει ενοριακό πνευματικό κέντρο. Με πρωτοβουλία και έσοδα των απανταχού Γαβαλομουριανών από το εξωτερικό αρχίζει η ανέγερσή του το 1991. Ύστερα από την αρχιερατική λειτουργία στις 13-11-1991 τοποθετείται ο θεμέλιος λίθος από τον Σεβασμιώτατο πρώην Κισάμου και Σελίνου κ.κ. Ειρηναίο και στις 13-11-2000 εγκαινιάζεται από τον ίδιο.
Στο ενοριακό κέντρο ο προσκυνητής μπορεί να γνωρίσει την ζεστή φιλοξενία των χωριανών. Μπορεί επίσης να δει διάφορα παλαιά εκκλησιαστικά σκεύη, παλαιά άμφια ιερέων, καθώς και Αρχιερατικά άμφια του μακαριστού Αρχιεπισκόπου Κρήτης κυρού Τιμοθέου που ήταν γόνος του Γαβαλομουρίου. Στην ενορία Γαβαλομουρίου ανήκει και ο οικισμός Κουλουκουθιανών τα οποία έχουν πολιούχο και προστάτη τους τον Άγιο Νεκτάριο. Επίσης στην ενορία ανήκει και το γραφικό εξωκκλήσι του Αγίου Πνεύματος, μέσα σε ένα καταπράσινο δάσος από πανύψηλα αιωνόβια δένδρα. Πριν το σημερινό εκκλησάκι υπήρχε εκεί μικρό ναΰδριο του 12ου αι. με πλούσιο Βυζαντινό αγιογραφικό διάκοσμο. Λόγω ανεπανόρθωτων ζημιών που υπέστη με την πάροδο του χρόνου η αρχαιολογία έδωσε άδεια κατεδάφισης και το 1971 άρχισε η ανοικοδόμηση του σημερινού ναού. Μια από τις σημαντικότερες ευλογίες τις ενορίας ήταν η έλευση τεμαχίου ιερού λειψάνου από την Ιερά Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή Γωνιάς Κολυμπαρίου του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου στις 12 και 13 Νοεμβρίου 2001 με την ευκαιρία εορταστικού διημέρου που οργάνωσε η Ενορία. Στις ακολουθίες του διημέρου αυτού προεξήρχε ο Μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Κρήτης κυρός Τιμόθεος Παπουτσάκης. Ήταν και η τελευταία επίσκεψη στην γενέτειρά του.